В 1728 году инженерная школа теряет свою самостоятельность и становится, говоря современным языком, факультетом артиллерийской школы. В период 1728 -1740 годов инженерная школа то выделялась из артиллерийской, то вновь входила в нее. Скорее это было вызвано дворцовыми интригами, борьбой за власть и влияние. Все это не шло на пользу системе подготовки военных инженеров. Качество подготовки падало. Количество выпускаемых специалистов было невелико.
В 1753 году начальником школы назначается ее бывший питомец инженерный генерал Абрам Петрович Ганибал (широко известный "арап Петра Великого") прадед А.С.Пушкина. Крупный теоретик инженерного дела, написавший в 1726 году книгу об инженерном искусстве, строитель сибирской крепости Селенгинск (1727-1737гг.). Он добивается отделения инженерной школы о артиллерийской и во многом восстанавливает систему подготовки военных инженеров.
В 1758 году всесильный шеф русской артиллерии знаменитый граф Шувалов П.И. прибирает к рукам инженерную школу, вновь сделав ее факультетом артиллерийской школы. Однако, обретя крупного покровителя и знатока военного дела, инженерная школа, как часть артиллерийской, расцвела. Объединенная школа комплектуется лучшими преподавателями, отборными офицерами. Вводится ряд новых предметов - география, геодезия. Создается богатая библиотека. Школа получает собственную типографию. Из стен школы выпускается плеяда военных, составивших впоследствии славу русского оружия.